زمینه و هدف: کیفیت مقالات پزشکی در ارتقای دانش پزشکی موثر است. این مطالعه به منظور تعیین کیفیت مقالات منتشر شده مجلات مصوب کمیسیون نشریات وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی انجام شد.روش بررسی: این مطالعه توصیفی مقطعی روی 690 مقاله منتشر شده بین سال های 84-1362 در مجلات علمی پژوهشی کشور که به صورت تصادفی و بر اساس اطلاعات موجود در وب سایت ایران مدکس از بین همه مقالات علوم پزشکی انتخاب شده بودند؛ در سال 1386 انجام شد.یافته ها: 52 درصد مقالات از نوع توصیفی، 21.2 درصد مداخله ای و 5.8 درصد از نوع تحلیلی بود. در سال های اخیر تعداد مقالات تحلیلی و مداخله ای به طور معنی داری نسبت به سایر مقالات افزایش یافته بود (P<0.05). از بین مقالات بررسی شده؛ نوع مطالعه هیچ مقاله ای کیفی نبود. درصد مقالات پژوهشی، گزارش مورد و مروری به ترتیب 44.9 درصد، 36.9 درصد و 14.1 درصد بود. در سال های اخیر میزان مقالات پژوهشی در مقایسه با مقالات گزارش مورد و مروری به طور معنی داری افزایش یافته بود (P<0.05). در 80 درصد از مقالات حداقل یک تست آماری به کار رفته بود. بیشتر مقالات (60 درصد) بالینی و متن 82 درصد از مقالات به زبان فارسی بود.نتیجه گیری: نتایج این مطالعه نشان دهنده روند روبه رشد شاخص های مربوط به کیفیت مقالات چاپ شده می باشد. احتمالا تغییر در سیاست های وزارت بهداشت و درمان در خصوص نحوه ارزشیابی معاونت های پژوهشی دانشگاه های علوم پزشکی کشور، برگزاری کارگاه های روش تحقیق و مقاله نویسی، نحوه امتیازدهی به مجلات مصوب کمیسیون نشریات علوم پزشکی کشور و قوانین ارتقا اعضای هیات علمی سبب بهبود شاخص های کیفی مقالات شده است.